보통 서원은 지방의 선현을 봉향하고 자제들의 강학을 담당하기 위해 창건된다. 신항서원 역시 이 뜻을 받들어 조선 선조 3년(1570) 창건되어 경연· 박훈· 김정· 송인수를 모시다가 인조 20년(1642) 개건하면서 한충을 추향하고, 효종 1년(1650)에 송상현· 이득윤을 추향하고 효종 7년 (1656)에 이이· 이색을 추향하여 현재 9분을 모시고 있다. 이때까지의 명칭은 유정서원(有定書院)이라 하였으며 현종 1년(1660)에 사액되면서 신항서원으로 개칭하였다.

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신항서원에서는 원생 30인과 자모생 30인을 뽑았으며 매년 음력 3, 9월 초정일에 제향하고 있다. 고종 8년(1871)에 서원 훼철령으로 철폐되었다가 고종 29년(1892)에 복구하도록 허가되어 광무 9년(1904)에 복구되고, 1957년 지방 유지들에 의해 재건되었다. 현재의 서원은 1987년에 보수한 건물로 정면 3간, 측면 1간으로 된 맞배지붕의 단층 목조인데 전면에는 약간의 공간을 두고 문은 모두 4분합문을 달았고 이밖에도 강당과 삼문, 행랑이 있으며 건물 주위에는 석축담장을 둘렀다. 또한, 서원마당에는 숙종 11년(1685)에 세운 신항서원묘정비가 있다.

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