미천서원은 17세기 조선이 거유(거유)인 미수 허목(1595∼1682)의 도학정신을 추모하기 위하여 숙종16년(1690)에 호남유림의 연명상소로 나주 금강 미천(眉泉) 위에 사우가 건립되었고 1693년 사액되었다. 정조23년(1799)에 채재공을 추배하였다. 숙종37년(1711)과 숙종41년(1715)에 걸쳐 두차례 중수되었다. 그러나 경종4년(1724) 조령중에 갑오이후(1714)에 창건한 사우를 훼철하라는 칙령을 빌미로 갑오이전에 창건된 서원임에도 불구하고 전라도 유학 김상택이 남설서원으로 보고하여 1차 훼철을 당한다. 이후 1771년 원이(院貳)채홍원이 사우를 중수하는 것으로 보아 그 이전에 사우가 중건된 것으로 추정된다.

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1868년 서원훼철령으로 2차훼철을 당하자 영당과 장판각은 삼영동 선산 아래로 옮겨 유지되다가 1893년 옛터에 영당과 강당을 중건하고 1937년 허영규의 추진으로 대대적인 서원 중수를 거쳐 최근에도 장판각 신축등이 이루어졌다. 한편 미수선생의 기언목판(861매)은 전라남도 유형문화재 217호로 지정되어 있다.

강당 뒷편에는 미수선생의 일화가 서려있는 미천이란 작은 샘이 있다. 서원터의 선정과 이름도 이 샘과 관련이 깊다.

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